Во научноистражувачката работа на Одделението за зоологија на ’рбетните животни, биогеографија и валоризација на природните екосистеми вклучени се проф. д-р Бранко Мицевски и технички соработник дипл. биол. Борче Стрејоски.
Од рамките на проектните активности, кои ги опфаќаат истражувањата на трите природни езера во Р. Македонија, публикувани се монографии за орнитофауната на Преспанското и Охридското Езеро. Проблематиката што се работи во ова Одделение се однесува на мониторинг и заштита на крупните ѕверови ‒ рисот и мечката (утврдување на статусот, дистрибуцијата, особено во трансграничните подрачја со Албанија и Грција, како и популационата густина во Р. Македонија), фауната на птиците, особено на водните станишта, инвентаризација на водните станишта како природни ресурси, како и фаунистика и валоризација, не само на птиците, туку и на одредени групи инсекти (правокрилци, вилински коњчиња, пеперутки и сапроксилни тврдокрилци).
Во соработка со Carl Bro International од Данска е изработена првата инвентаризација на КОРИНЕ биотопите во Македонија, како основа за идната ЕМЕРАЛД мрежа. Во соработка со ЕУРОНАТУР од Германија, Републичкиот завод за заштита на природните реткости и Друштвото за проучување и заштита на птиците на Македонија (ДПЗПМ) подготвена е неопходната документација за прогласување на северниот дел на Преспанското Езеро за строг природен резерват “Езерани”. Во соработка со IUCN од Холандија е изработен првиот каталог на водните станишта во Македонија. Во соработка со Еколошкото движење во Солун и со Грчкото орнитолошко друштво, спроведен е мониторинг на состојбата со орнитофауната, по течението на р. Вардар. Како резултат на соработката со Пронатура (Швајцарија), за првпат во Македонија е изработен „План за управување на Националниот парк Пелистер“ според стандардите на ЕУРОСАЈТ.
Професорот Мицевски раководел или учествувал во повеќе од 100 апликативни проекти кои се однесуваат на заштита на природата, студии за постојната состојба со биодиверзитетот на одредени подрачја и студии за оценка на влијанијата врз животната средина од покрупни развојни проекти во Македонија, Србија, Косово и Албанија, во соработка со приватниот сектор (фирмата Биомастер) и невладиниот сектор (ДПЗПМ).